Datos del pedimento ¿En factura de servicios?

No, eso solo debe realizarse cuando se están vendiendo bienes

Contamos con un Programa IMMEX y le maquilaremos diversos artículos a otra IMMEX, por lo que al tratarse de bienes importados temporalmente tendrán que transferirse con los pedimentos de retorno virtual a nombre de esta y de importación temporal virtual al nuestro, y viceversa una vez que los entreguemos.

En la factura que expidamos por el servicio ¿deben anotarse los datos de los pedimentos en términos del Código Fiscal de la Federación (CFF)?

No, la obligación de anotar los datos del número y fecha de documento aduanero con el que ingresaron las mercancías al país, solo es aplicable tratándose de ventas de primera mano de mercancías de importación, no así por la prestación de servicios (art. 29-A, fracc. VIII, CFF).

Ahora bien, independientemente de tramitarse los pedimentos por la transferencia de los bienes en territorio nacional, su empresa no está vendiendo bienes, sino prestando servicios de maquila, en consecuencia, los comprobantes que expida por la prestación de esos servicios no deben contener los datos referidos.